Alors que l'équipe des S.E.E.S doit affronter toujours et encore des « Shadows », ils doivent malheureusement faire face à la mort de proches. Cela leur permettant d'être plus fort, les S.E.E.S sont plus déterminés que jamais à en finir avec la « Dark Hour ». C'est à ce moment-là que Makoto fait la rencontre d'un élève plutôt mystérieux du nom de Ryoji Mochizuki, un tout nouvel élève transféré dans sa classe..